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Wiss. Mitarbeiter*in (d/m/w) - 65 % Arbeitszeit

TU Berlin: Technische Universität Berlin • Part-time • Berlin, Berlin, Deutschland • 15h ago

Ihre Aufgaben

Kultivierung humaner Zellen und In-cell-Crosslinking unter basalen und veränderten Bedingungen (z. B. Wirkstoffbehandlung, Stress)
Optimierung und Benchmarking chemischer und photoaktivierbarer Crosslinking-Reagenzien hinsichtlich Effizienz, Membrangängigkeit und biologischer Aussagekraft
Kopplung des Crosslinkings mit subzellulärer Fraktionierung (Zytosol, Zellkern, Membranen) zur Anreicherung kompartimentspezifischer Proteinkomplexe
Probenvorbereitung für proteomweite Crosslinking-MS (Verdau, Anreicherung, mehrdimensionale Fraktionierung) sowie LC-MS/MS-Messungen (Orbitrap, Astral)
Datenauswertung mit xiSEARCH/xiFDR und Mitarbeit an der Verbesserung von Spektrenzuordnung und Fehlerabschätzung (FDR), u. a. durch systematische Untersuchung von - Artefakten wie nicht-kovalent assoziierten Peptidpaaren
Validierung der Crosslink-Daten an bekannten Komplexen und Abgleich mit CF-MS- und AP-MS-Daten der Projektpartner; Aufbereitung als Distanz-Restraints für die Strukturmodellierung
Enge Zusammenarbeit im internationalen Konsortium, offene Bereitstellung von Daten und Protokollen (EMBL-EBI/PRIDE), Präsentation und Publikation der Ergebnisse
Die Möglichkeit zur Promotion ist gegeben

Ihr Profil

Erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom oder Äquivalent) in Biotechnologie, Biochemie, Chemie oder einer eng verwandten Fachrichtung
Praktische Erfahrung in der massenspektrometriebasierten Proteomik (Probenvorbereitung, LC-MS/MS, Datenauswertung)
Fundierte Laborerfahrung mit biochemischen und zellbiologischen Methoden (z. B. Zellkultur, Proteinexpression und -reinigung)
Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Wünschenswert:

Bereitschaft zur Einarbeitung in Crosslinking-MS, Strukturproteomik und integrative Strukturmodellierung
Selbstständige, sorgfältige und strukturierte Arbeitsweise sowie ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeit
Erfahrung mit Crosslinking-MS oder mit der Analyse von Artefakten in LC-MS-Daten (z. B. nicht-kovalent assoziierte Peptide)
Erfahrung mit Software zur Auswertung von Proteomikdaten (z. B. DIA-NN, Xcalibur), Programmierkenntnisse (z. B. Python) sowie Strukturvisualisierung (z. B. ChimeraX)
Kenntnisse zu humanen Zellmodellen, z. B. aus den Bereichen Stammzellen oder Tissue Engineering
Deutschkenntnisse

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