M/ F Microbial Ecology PhD

Informations générales

Intitulé de l'offre : H/F Doctorant en Ecologie Microbienne
Référence : UMR5557-VERROD-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : jeudi 10 octobre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 6 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Surface continentale et interfaces

Description du sujet de thèse

Titre: Risques pour la santé humaine associés aux microbiomes de surface urbaine.
Explorer les risques sanitaires associés aux microbiomes urbains de Lyon et chercher à définir les réseaux d’interactions favorables aux taxons bactériens pathogènes de Nocardia. Une approche de métabarcoding impliquant les marqueurs 16S rRNA (bactéries) 18S rRNA (micro-eucaryotes), ITS (champignons) et hsp65 (Actinobacteria) sera utilisée avec une approche culturale sur le même échantillon que ceux utilisés dans les analyses d'DNAe pour évaluer leur potentiel infectieux dans des lignées cellulaires différentes. Cette étude permettra d’identifier les principaux acteurs qui contribuent au mode de vie urbain de Nocardia. Les modèles de distribution des Nocardia basés sur l’ADN seront comparés avec des variables sociologiques, y compris des profils urbanistiques.

Contexte de travail

Mission : le doctorant évaluera les risques pour la santé humaine associés aux microbiomes de surface urbaine.
Les objectifs :
- Mettre en œuvre d’un test de virulence de communautés microbiennes sur échantillon urbain
- Etablir un réseau de corrélation des différents micro-organismes présents en milieu urbain
- Evaluer la dangerosité des isolats urbains sur des modèles cellulaires
- Analyser l’ensemble de données suivant une approche de santé publique

Le doctorant sera rattaché à l’équipe du BPOE composée de 7 chercheurs et professeurs-chercheurs, 4 IE, 1 tech, 3 étudiants phD et 2 post-doc. Cette équipe fait partie de l’Unité de recherche en écologie microbienne, umr 5557. Le doctorant sera sous la supervision de V. Rodriguez-Nava (PR Université de Lyon 1), E. Danty (chargé de recherche INRAE) et H. Spath (MCU-HDR Lyon 1) Le doctorant sera installé dans les locaux de l’équipe situés sur les campus Rockefeller et Doua.

Notre laboratoire est expert en surveillance des pathogènes environnementaux depuis plus de 20 ans. L’équipe est également experte en approches de metabarcoding et des aspects de culture cellulaire. Parmi les modèles bactériens, notre laboratoire est également expert en Nocardia à travers une activité menée au sein de l’Observatoire français de la Nocardiose.