Postdoc (M/ F) Molecular and Cellular Responses of Arctic Diatoms During Sea Ice Formation

Informations générales

Intitulé de l'offre : Post-doc (H/F) réponses moléculaires et cellulaires des diatomées arctiques lors de la formation de la banquise
Référence : UMR5168-ERIMAR-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : jeudi 3 octobre 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 30 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2 991,58€
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Interactions, particules, noyaux du laboratoire au cosmos

Missions

Le post-doctorat proposé, sur une durée de 30 mois (prolongation possible), visera à caractériser la réponse structurale et fonctionnelle de diatomées arctiques à la formation de la banquise. Les études seront menées dans le cadre du projet HFSP TrappedInIce, impliquant des interactions avec les trois autres partenaires du projet (laboratoires de Marcel Babin, Canada, François Fripiat, Belgique, et Manu Prakash, USA). La stratégie d'étude sera intégrative combinant des analyses en imagerie cellulaire, génomique, transcriptomique, lipidomique. Le projet articulera des analyses de populations en culture et des analyses de cellules isolées (single-cell). Le post-doc (H/F) réalisera les expérimentations, analysera les données, et aura une part significative dans la rédaction des articles.

Activités

Le post-doctorat se déroulera au laboratoire LPCV, Grenoble, et débutera par la production des séquences génomiques des quatre lignées de diatomées sélectionnées. Cette première phase reposera sur l'expérience éprouvée du LPCV et combinera culture des lignées, extraction d'ADN en vue du séquençage, assemblage et annotation par un prestataire externe, et collecte et analyse des données obtenues. Ces génomes serviront de références pour des études transcriptomiques des diatomées en cultures dans des conditions mimant la formation de la banquise, menées par le laboratoire de Marcel Babin, Canada. Les cultures menées dans ce laboratoire permettront d'extraire les ARN pour profilage transcriptomique et lipidomique au LPCV. Les profils d’expressions seront analysés et interprétés par le post-doc (H/F). Des analyses en imagerie seront menées en parallèle, s’appuyant sur l’expertise du LPCV en microscopie électronique 3D. Les profilages lipidomiques seront réalisés en collaboration avec la plateforme LIPANG. Une seconde phase visera à développer des méthodes pour la caractérisation moléculaire et fonctionnelle de processus identifiés dans la première phase, au niveau de la cellule unique (single-cell). Cette partie plus exploratoire impliquera une collaboration avec le laboratoire de Manu Prakash, expert de la manipulation de cellules isolées. L'ensemble permettra de caractériser certaines réponses précoces lors de la formation de la banquise en zone arctique.

Compétences

La personne recrutée disposera d'une Thèse de Biologie ayant permis de suivre une stratégie intégrative et multiéchelle (une question intégrant plusieurs niveaux, par exemple moléculaire, métabolique, génomique, cellulaire, . Une connaissance de la biologie/physiologie du phytoplancton et des microalgues sera appréciée. Deux prérequis sont importants. D'une part, la personne candidate devra avoir une expérience (autonomie) sur l'étude de microorganismes en culture stérile, idéalement de microalgues. D'autre part, elle devra avoir de bonnes bases en bioinformatique, pour l'analyse de génomes et de transcriptomes (par ex. environnement Galaxy). Les analyses de lipidomique ou d’imagerie 3D se feront en collaboration avec les membres de l’équipe LIPID au LPCV. Toute expérience passée de type single-cell sera un atout pour la seconde partie plus exploratoire du post-doctorat. La personne recrutée devra aussi avoir la capacité de travailler en équipe et dans un contexte collaboratif international.

Contexte de travail

Le post-doctorat se déroulera au Laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale, une unité mixte CNRS/CEA/INRAE/Univ. Grenoble Alpes, sur le polygone scientifique de Grenoble. La mission sera menée au sein de l'équipe LIPID, dans un environnement comprenant chambres de cultures de microalgues en conditions contrôlées, équipements pour la microbiologie/biologie moléculaire/biochimie, l'accès aux plateformes d'imagerie et d'analyses lipidomiques. Des missions dans les laboratoires partenaires seront considérées en fonction des avancées du projet.

Contraintes et risques

Le projet devra se dérouler dans le cadre du projet collaboratif HFSP TrappedInIce, fournissant un environnement scientifique international pluridisciplinaire stimulant, mais nécessitant une coordination des travaux menés par les différents partenaires sur les 4 lignées étudiées. Les risques sont maitrisés par le choix de ces quatre lignées, dans la mesure où les travaux seront priorisés en fonction des difficultés techniques éventuelles rencontrées sur certaines lignées. La première phase fait appel à des techniques et des méthodes maitrisées, et pourra être valorisée. La seconde phase comprend des aspects plus exploratoires, qui seront pris en compte lors de la sélection des cibles moléculaires (gènes différentiellement exprimés) retenus.

Informations complémentaires

Le post-doctorat proposé sur une durée de 30 mois, visera à caractériser la réponse structurale et fonctionnelle de diatomées arctiques à la formation de la banquise, aux niveaux moléculaires et cellulaires. Les études seront menées dans le cadre du projet HFSP TrappedInIce, impliquant des interactions avec les trois autres partenaires du projet (laboratoires de Marcel Babin, Canada, François Fripiat, Belgique, et Manu Prakash, USA). La stratégie d'étude sera intégrative combinant des analyses en imagerie cellulaire, génomique, transcriptomique, lipidomique. Le projet articulera des analyses de populations en culture et des analyses de cellules isolées (single-cell). Le post-doc (H/F) réalisera les expérimentations, analysera les données, et aura une part significative dans la rédaction des articles.