Promovierte*r wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (m/w/d) in rechnergestützter Massenspektrometrie und Maschinellem Lernen

Gesucht wird zur Verstärkung unseres Teams im Referat „eScience“ in Berlin-Steglitz zum nächstmöglichen Zeitpunkt ein*e

Promovierte*r wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in (m/w/d) in rechnergestützter Massenspektrometrie und Maschinellem Lernen

Entgeltgruppe 14 TVöD
Zeitvertrag für 36 Monate
Vollzeit/teilzeitgeeignet

Die Bundesanstalt für Materialforschung und ‑prüfung (BAM) ist eine wissenschaftlich-technische Bundes­oberbehörde mit Sitz in Berlin. Als Ressortforschungs­einrichtung des Bundesministeriums für Wirtschaft und Klimaschutz forschen, prüfen und beraten wir zum Schutz von Menschen, Umwelt und Sachgütern. Im Fokus unserer Tätigkeiten in der Materialwissenschaft, der Werkstoff­technik und der Chemie steht dabei die technische Sicherheit von Produkten und Prozessen.

Wir suchen eine*n hochmotivierte*n Postdoktorand*in, die*der unser Team verstärkt und zur Weiterentwicklung computergestützter Methoden für die nicht-zielgerichtete Metabolomik beiträgt. Der Schwerpunkt dieser Position liegt auf der Weiterentwicklung von Fiora, einem Open-Source-Algorithmus, der Graph-Neuronale-Netzwerke nutzt, um Tandem-Massenspektren in silico zu simulieren. Fiora hat bereits überragende Leistungen im Vergleich zu den neuesten Technologien gezeigt und bietet präzise Vorhersagen von Fragmentionen­intensitäten, Retentions­zeiten und Kollisions­querschnitten. Durch GPU-Optimierung ermöglicht Fiora schnelle und großskalige Spektral­simulationen zur Erweiterung von Referenz­bibliotheken und zur Verbesserung der Identifizierung von Verbindungen in Metabolomik-Studien. Die*Der erfolgreiche Bewerber*in wird mit eigenen Ideen die Weiterentwicklung der Methodik leiten, ihn mit Benchmark-Daten­sätzen wie NIST, MS‑Dial und CASMI-Challenges validieren sowie in Workflows zur Biomarker-Entdeckung und Präzisions­medizin integrieren. Wir suchen eine*n Kandidat*in mit einem Doktortitel in Computational Chemistry, Bioinformatik, Informatik oder einem verwandten Bereich, mit starken Programmier­fähigkeiten und Erfahrung im Bereich Maschinelles Lernen.

Als Mitglied der eScience-Gruppe sind Sie Teil eines interdisziplinären Umfelds mit kreativen Köpfen. Wir bieten ein breites Spektrum an anspruchsvollen Aufgaben an der Schnittstelle von Informatik, Data Science und Material­forschung. Unser Team ist bekannt für seine Vielfalt und seine Energie. Dies ist Ihre Chance, mit internationalen, jungen, innovativen Fachleuten zusammenzuarbeiten, die sich zusammen­gefunden haben, um die Digitalisierung der Material­forschung zu gestalten!

Ihre Aufgaben:

• Entwicklung neuer maschineller Lernmodelle für Anwendungen in der Material­wissenschaft
• Weiterentwicklung komplexer Modelle des Maschinellen Lernens in PyTorch
• Aufbereitung von Trainingsdaten sowie Entwicklung und Auswahl geeigneter Merkmale (Features)
• Visualisierung und Interpretation der Ergebnisse aus den Vorhersagen
• Betreuung von Nachwuchswissenschaftler*innen
• Präsentation von Forschungs­ergebnissen auf wissenschaftlichen Konferenzen und in begutachteten Fachzeitschriften

Ihre Qualifikationen:

• Erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschul­studium (Diplom/​Master) sowie sehr gute Promotion der Informatik, technischen Software­entwicklung, Bioinformatik, Mathematik, Physik, Data Engineering oder vergleichbar
• Sehr gute Kenntnisse von Software­bibliotheken für Data Science (z. B. PyTorch, PyTorch-Geometric, Pandas, Scitkit-Learn)
• Sehr gute Kenntnisse moderner Methoden des Maschinellen Lernens (z. B. Invertible Neural Networks und Graph Neural Networks)
• Sehr gute Kenntnisse in mindestens einer Programmier­sprache (z. B. Python, Rust, Go)
• Erfahrung mit der Analyse von Tandem-Massen­spektren ist wünschenswert
• Erfahrung mit Versionskontroll­systemen (z. B. Git) ist wünschenswert
• Erfahrung mit statistischen Methoden ist wünschenswert
• Kenntnisse von Methoden zur Verarbeitung und Analyse großer Datenmengen sind wünschenswert
• Erfahrungen mit Daten aus dem Bereich der Material- oder Ingenieur­wissenschaften oder Naturwissenschaften sind wünschenswert
• Ausgezeichnete mündliche und schriftliche Sprachkenntnisse/​Ausdrucks­stärke in Englisch
• Ausgezeichnete kommunikative und zwischen­menschliche Fähigkeiten, eine zielorientierte und strukturierte Arbeitsweise, mit einer starken Bereitschaft zur Kooperation und Zusammenarbeit mit anderen, Lern- und Anpassungs­bereitschaft sowie ausgeprägtes konzeptionelles, strategisches und innovatives Denken

Unsere Leistungen:

• Interdisziplinäre Pionierforschung an der Schnittstelle von Politik, Wirtschaft und Gesellschaft
• Arbeit in führenden nationalen und internationalen Netzwerken mit Universitäten, Forschungs­einrichtungen und Industrie­unternehmen
• Zugang zu exzellenter Ausstattung und Infrastruktur
• Flexible Arbeitszeiten, mobiles Arbeiten und eine gute Work-Life-Balance mit 30 Urlaubstagen und bis zu 12Gleittagen pro Jahr
• Persönliche und berufliche Weiterentwicklung
• Sie profitieren von einer wertschätzenden und integrativen Atmosphäre mit einer zertifizierten familien­freundlichen Arbeitskultur, regelmäßigem Feedback und einem starken Engagement für die Gleichstellung und Integration von schwerbehinderten Menschen.

Ihre Bewerbung:
Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung über unser Bewerbungsmanagementsystem bis zum 22. Januar 2025. Alternativ können Sie Ihre Bewerbung zur Kennziffer 295/24-VP.1 auch per Post an folgende Anschrift senden:

Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung
Referat Z.3 – Personal
Unter den Eichen 87
12205 Berlin
www.bam.de

Fachliche Fragen zu dieser Position beantwortet Ihnen gerne Herr Dr. Benner unter der Telefonnummer +49 30 8104-3647 bzw. per E‑Mail unter Philipp.Benner@bam.de.

Die BAM fördert die berufliche Gleichstellung von Frauen und Männern. Bewerbungen von Frauen begrüßen wir daher besonders. Gleichzeitig sind wir bestrebt, die gesellschaftliche Vielfalt widerzuspiegeln. Daher ist jede Bewerbung, unabhängig von ihrem Geschlecht, ihrer kulturellen oder sozialen Herkunft, Religion, Weltanschauung oder sexuellen Identität herzlich willkommen.

Darüber hinaus hat die BAM sich die berufliche Teilhabe von schwerbehinderten Menschen zum Ziel gesetzt. Hinsichtlich der Erfüllung der Ausschreibungsvoraussetzungen erfolgt eine individuelle Betrachtung. Schwerbehinderte oder ihnen gleichgestellte Menschen werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt.

Die ausgeschriebene Stelle setzt ein geringes Maß an körperlicher Eignung voraus.

Die BAM ist seit 2015 als familien- und lebensphasenbewusste Arbeitgeberin durch das „audit berufundfamilie“ zertifiziert und unterstützt aktiv die Vereinbarkeit von Beruf und Familie.