PhD in analytical Chemistry and mass spectrometry - M/ F

Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorant en chimie analytique et spectrométrie de masse - H/F
Référence : UMR5254-SOPPUY-097
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PAU
Date de publication : lundi 30 septembre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Chimie physique, théorique et analytique

Description du sujet de thèse

Le sélénium (Se) est un oligo-nutriment essentiel à la vie grâce à ses propriétés antioxydantes via les acides aminés séléniés et les selénoprotéines. En aquaculture, les farines de poissons riches en Se et utilisées pour l’alimentation des poissons d’élevage, sont amenées à être remplacées par des aliments à base d’ingrédients durables tels que les co-produits de poissons jusqu’à présent jetés. Riches en Se, les co-produits de thon sont très attractifs et innovants mais ils peuvent contenir des contaminants métalliques tels que le mercure (Hg), toxique et qui peut interagir avec le Se et modifier l’expression des sélénoprotéines chez les poissons reproducteurs en diminuant le transfert des nutriments vers la descendance. Les alevins au stade précoce étant particulièrement sensibles au stress oxydant qui les rend vulnérables pour la suite de leur développement, l’étude du métabolisme du Se en fonction de nouveaux régimes est un point clé.
Pour déterminer les formes chimiques du Se et les interactions du Hg avec les biomolécules environnantes sur des alevins de si petite taille, l’analyse directe par imagerie multimodale par spectrométrie de masse doit être développée.
Le/la candidat(e) sera en charge des développements analytiques en ablation laser, couplée à l’ICPMS pour l’imagerie quantitative du Se et du Hg totaux ainsi que des sélénoprotéines, après marquage par immunohistochimie sur des coupes fines d’alevins. Il/elle interviendra dans les développements de protocoles de préparation d’échantillon et d’analyse pour l’imagerie multimodale du Se et du Hg dans des coupes fines d’alevins. Pour l’imagerie multimodale, il s’agira de développer une approche originale visant à combiner l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI avec l’imagerie par LA-ICP MS, ainsi qu’avec l’immunohistochimie (IHC). Basée sur les bénéfices de chacune d’entre-elles, l’idée étant de pouvoir corréler i) les données moléculaires (peptides/protéines) avec les données élémentaires, ainsi que ii) les données moléculaires avec le typage cellulaire. Un traitement des données avancé est primordial pour extraire et corréler les données d’imagerie issues de ces trois modalités.

Ces développements fondamentaux seront appliqués pour identifier les formes chimiques du Se et du Hg dans des coupes d’alevins soumis à 5 régimes alimentaires différents et durables.

Contexte de travail

L'Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les matériaux (IPREM) est une unité mixte de recherche du CNRS et de l’Université de Pau et des pays de l’Adour. Les chercheurs et enseignants-chercheurs des trois pôles de recherches (CAPT, CME, PCM) de l'IPREM s'intéressent au développement des connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie, en relation avec les applications concernant la structure du vivant, la gestion de l'environnement et les propriétés fonctionnelles de différentes classes de matériaux. L'IPREM rassemble des compétences en chimie analytique, de synthèse organique, des polymères et de modélisation théorique associées à une plateforme instrumentale de pointe adossée à UPPATech et au CNRS. Une part importante des membres de l'IPREM (pôles CAPT et CME) contribue aux recherches associées à la problématique des métaux (isotopie, microanalyse, nano-imagerie, spéciation et métallomique).
Ce projet de thèse s’inscrit dans le cadre de l’ANR MOONFISH et est adossé au pôle CAPT (Chimie Analytique Physique et Théorique) dont les développements méthodologiques sont au cœur des thématiques de recherche en lien avec l’analyse des éléments chimiques (métaux, métalloïdes, halogènes) à l’état de trace. Les méthodologies analytiques développées comprennent les protocoles de préparation d’échantillon et le couplage des techniques de séparation (chromatographie, électrophorèse) avec la spectrométrie de masse élémentaire et moléculaire (ICP MS et ESI-FT-MS/MS) ainsi les techniques d'imagerie (LA-ICP MS, SIMS, MALDI-FT ICRMS).
Ce projet de thèse se déroulera en étroite collaboration avec le CBMN à Bordeaux pour les développements en imagerie multimodale avec la spectrométrie de masse MALDI.
Également, le candidat interagira avec les chercheurs de NUMEA (St-Pée sur Nivelle (64)) pour la mise au point du protocole d’immunohistochimie.
Le/la candidat(e) sera rattaché(e) à l’école doctorale ED SEA 211 de l’université de Pau et des pays de l’Adour (https://.

Contraintes et risques

Le/la candidat(e) sera amené(e) à se déplacer au CBMN pour des séjours de 1 mois à 1.5 mois pour les analyses en MALDI-Orbitrap MS.

Informations complémentaires

Le/la candidat(e) sera titulaire d’un Master 2 en chimie avec une forte composante en chimie analytique. De solides connaissances théoriques et pratiques en spectrométrie de masse sont nécessaires. Des connaissances en biologie seront appréciées. Le/la candidat(e) doit avoir un bon niveau d’anglais, la capacité de travailler en équipe et à la fois de façon autonome, la capacité de synthétiser et de présenter son travail de recherche.

Pour postuler, le candidat devra fournir un CV
Et dans un unique document pdf :
- une lettre de motivation exposant brièvement ses intérêts de recherche, particulièrement pour ce sujet.
- les relevés de notes et diplômes attestant de l’obtention de la licence et du master
- un document approuvé attestant de la maîtrise de l’anglais
- les noms et coordonnées de deux personnes de référence. L’une d’entre elles doit être le directeur principal du mémoire de master
- le cas échéant, une liste de tous les travaux de nature scientifique/liste de publications. (Ne pas inclure les articles entiers).